يكمن إجراء خلع ضرس العقل في إزالة الضرس الثالث(التسمية العلمية لضرس العقل)،الذي عادة ما يسبب الالم سوأن في السن او في اللثة، كما يسبب في بعض الاحيان اعوجاج الاسنان، و ذلك لأن الضرس بقيت منحشرة في اللثة او عظم الفك.
يستحسن إجراء خلع ضرس العقل للمرضى الذين يعانون من ألم في الأسنان و عظم الفك نتيجة لإنحسار الضرس، أو لتراص الأسنان أو لإعوجاجها أو نتيجة التسوس الحاد للضرس الذي يصعب مداواته بطرق أخرى، كإستعمال الحشوات السنية أو قناة الجذر.
يختلف إجراء خلع ضرس العقل من مريض لآخر حسب دواعي إزالة السن. ففي حالة تسوسها أو تعرضها لأية ضرر، يتم أولا تنظيف المنطقة، ثم خلع الضرس بطريقة عادية.
أما في حال إنحسار ضرس العقل في خط اللثة أو عظم الفك، سيعمل طبيب الأسنان على إحداث شق في اللثة لإزالة السن، و بذلك يكون الإجراء أكثر تعقيدا.
عادة يتم إجراء خلع الضرس من خلال إحداث شق في اللثة لتعرية الجذر و إزالة السن بإستعمال ملاقط خاصة بالأسنان. أما في حال تعمق إنحسار السن في عظم الفك، فسيقوم طبيب الأسنان بإحداث شق في العظم نفسه لإزالة جذر ضرس العقل.
بعد الإنتهاء من خلع الضرس، يتم تنظيف المنطقة المحيطة به و تتم خياطة الشقوق في اللثة و الفك. على المريض العودة في موعد ثاني بعد التعافي تماما من الإجراء السابق، في حال رغب في إجراء زرع سن لتعويض السن التي تمت إزالتها.
يستغرق إجراء خلع ضرس العقل من نصف ساعة الى ساعتين.